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Université de Provence (2009)

Biodiversité des bactéries halophiles de Chotts et Sebkhas tunisiens et applications biotechnologiques

Hedi, Abdeljabbar

Titre : Biodiversité des bactéries halophiles de Chotts et Sebkhas tunisiens et applications biotechnologiques

Study of biodiversity in extreme halophile (aerobic and anaerobic) at Tunisian Chotts and Sebkhas and their biotechnological application

Auteur : Hedi, Abdeljabbar

Université de soutenance : Université de Provence (co tutelle) Université de Tunis-El Manar

Grade : Doctorat : Biologie. Microbiologie : Aix-Marseille 1 : 2009 et Biologie. Microbiologie : Université de Tunis-El Manar : 2009

Résumé
Les bactéries halophiles (modérées et extrêmes) ont été isolées à partir de sites hypersalins tels que les lacs et les sols salés aussi bien que des lacs alcalins. La biodiversité taxonomique des microorganismes trouvés dans les environnements hypersalés, est liée essentiellement à la haute concentration en sel. Les microorganismes halophiles sont doués d’une activité métabolique et physiologique intervenant dans la fermentation d’aliments ainsi que dans la transformation et la dégradation des déchets et des polluants organiques des environnements salés. Les bactéries halophiles sont classées parmi les microorganismes modérés dont la concentration du milieu en NaCl se situe entre 0,5 M et 2,5 M alors que les bactéries extrêmophiles poussent dans des milieux où la salinité est supérieure à cette concentration. La diversité microbienne dans les écosystèmes hypersalins au nord et au sud de la Tunisie a été faiblement étudiée. Chott El-Djerid et Sebkhas Sehline, les deux grands lacs salés du pays représentent les sources les plus importantes du sel de cuisine. L’intêret économique de ces régions nous amène à une étude taxonomique des microorganismes qui occupent de tels écosystèmes. L’objectif de ce travail est d’examiner par des approches phénotypiques, physiologiques, biochimiques et moléculaires, les souches isolées à partir des deux environnements ainsi que d’étudier les caractéristiques de ces souches nouvelles. Les isolats étudiés sont repiqués sur milieu concentré en sel (25% NaCl). La caractérisation moléculaire a été effectuée et les résultats obtenus montrent que les isolats représentatifs de la collection sont des bactéries aérobies appartenant phylogénétiquement aux genres Salicola, Pontibacillus, Bacillus, Halomonas, Marinococcus, Yeomjeonicoccus, Gracilibacillus, Halovibrio, Pseudomonas et Halobacillus. Dans les conditions d’anaérobiose de Chott El-Djerid, une seule bactérie a été isolée. L’identification moléculaire de cette souche et la comparaison phylogénétique avec les plus proches, montrent que la souche 6SANG représente une nouvelle espèces d’un nouveau genre Halanaerobaculum tunisiense gen. nov., sp. nov. Pour confirmer la biodiversité des espèces fongiques des sites hypersalés de Sebkha Sehline, une analyse moléculaire a été réalisée pour les neuf isolats grâce à un séquençage du gène ITS. Les résultats témoignent de la présence de quatre espèces différents et qui sont : Hypocrea lixii, Hypocrea koningii, Trichoderma longibrachiatum et Pichia guilliermondii.

Mots clés : Bactéries halophiles — Écologie des marais salants — Tunisie — Bactéries anaérobies — Diversité biologique

Présentation (SUDOC-ABES)

Page publiée le 29 août 2010, mise à jour le 12 janvier 2018