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Université Paris-Saclay (2021)

Potentialités symbiotiques, diversité des microsymbiotes et différenciation bactérienne chez la symbiose Arachide-Bradyrhizobia

Bouznif, Besma

Titre : Potentialités symbiotiques, diversité des microsymbiotes et différenciation bactérienne chez la symbiose Arachide-Bradyrhizobia

Auteur : Bouznif, Besma

Etablissement de soutenance : Université Paris-Saclay co tutelle Université de Gabès (Tunisie)

Grade : Doctorat : Biologie 2021

Résumé partiel
Le travail réalisé dans cette thèse s’est intéressé à une des légumineuses les plus cultivées au monde, Arachis hypogaea. Cette oléagineuse originaire d’Amérique du Sud est maintenant cultivée dans le monde entier. Une étude de la phylogéographie des Bradyrhizobium spp. associés à de nombreuses espèces de légumineuses sauvages et cultivées provenant de diverses zones géographiques a été menée. L’analyse phylogénétique basée sur les séquences de différents gènes et régions génomiques (gènes de ménage et symbiotiques) nous a permis de conclure que certains rhizobia nodulant l’arachide dans les zones d’introduction ressemblent à des rhizobia de son aire d’origine en Amérique du Sud tandis que d’autres ressemblent à des rhizobia associés à d’autres espèces dans la zone d’introduction. À l’échelle régionale, une collection de 90 souches bactériennes nodulant Arachis hypogaea cultivées dans six sites en Tunisie a été obtenue. L’analyse phylogénétique de ces 90 souches par la méthode de MLSA en se basant sur sept loci génomiques (l’ADNr 16S, ITS, les gènes de ménage (recA, dnaK, glnII) et les gènes symbiotiques (nifH et nodC)) engendre des arbres phylogénétiques faiblement résolus. Le séquençage du génome total de 15 souches de la collection a été par la suite entrepris. Les analyses phylogénomiques des 15 souches ainsi que de 55 souches de références, nous a permis d’obtenir des arbres phylogénétiques bien résolus et donc de mieux comprendre la provenance des bactéries nodulant l’arachide en Tunisie. Les phylogénies basées sur 425 gènes de ménages et 16 gènes symbiotiques et l’estimation de l’identité nucléotidique génomique moyenne (ANI) montrent que trois souches (BWC-3-1, SFT-1 et NBC-2-1) appartiennent aux deux espèces déjà décrites B. canariense et B. yuanmingense. Toutefois, les 12 souches restantes sont significativement distantes des espèces types du genre Bradyrhizobium avec des valeurs d’ANI <95%. Par conséquent, elles constituent probablement des nouvelles espèces.

Présentation (SUDOC)

Page publiée le 20 novembre 2022