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Université de Montpellier (2021)

Caractérisation de Xanthomonas oryzae, agent causal du flétrissement bactérien (BLB) et de la strie bactérienne (BLS) du riz au Sénégal : pour un développement de stratégies de lutte contre la BLB et la BLS

Tall, Hamidou

Titre : Caractérisation de Xanthomonas oryzae, agent causal du flétrissement bactérien (BLB) et de la strie bactérienne (BLS) du riz au Sénégal : pour un développement de stratégies de lutte contre la BLB et la BLS

Characterization of Xanthomonas oryzae, causal agent of bacterial Leaf Blight (BLB) and Leaf streak (BLS) of rice in Senegal : towards the development of control strategies against BLB and BLS

Auteur : Tall, Hamidou

Etablissement de soutenance : Université de Montpellier

Grade : Doctorat : Mécanismes des Interactions parasitaires pathogènes et symbiotiques 2021

Résumé
Une des contraintes majeures à la production rizicole sont les maladies causées par les bactéries du genre Xanthomonas. Le flétrissement bactérien (BB) et la strie foliaire (BLS) sont deux maladies émergentes en Afrique de l’Ouest, causées respectivement par Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) et Xanthomonas oryzae pv. Oryzicola. Le BB a été signalé au Sénégal pour la première fois dans les années quatre-vingt par Trinh et al. Mais aucune souche de Xoo n’a été isolée et aucun autre rapport n’a été fait. Par contre le BLS n’a pas été rapporté au Sénégal jusqu’à présent. Le choix de gènes de résistance contre BB et BLS est effectué en fonction de leur efficacité par rapport aux races répandues de Xoo et de Xoc les plus virulentes de la région. L’absence d’études sur les Xanthomonas du Sénégal fait qu’aucune stratégie n’a été encore envisagée pour contrôler ces maladies. La résistance variétale étant un des moyens les plus efficaces pour contrôler ces maladies. La caractérisation de la diversité des souches de X. oryzae de même que l’identification de sources dans les variétés locales pour la résistance sont des conditions indispensables pour un contrôle durable. Ainsi les objectifs de notre étude étaient : (i) de clarifier le statut du BB et du BLS au Sénégal par le biais de prospections dans les rizières et de prélèvements dont il faudra confirmer la présence ou non des pathogènes ; (ii) de constituer une collection de souches de X. oryzae à caractériser ; (iii) d’identifier des gènes de résistance pour lutter contre le BB et le BLS ; (iv) d’identifier des sources de résistance en conduisant une évaluation de la résistance d’accessions de riz cultivées au Sénégal pour la résistance au BLB. Les campagnes de prospection, d’isolement et de confirmation par PCR ont permis de constituer une collection de 43 souches Xoo et 91 Xoc du Sénégal. Le criblage des lignées quasi iso-géniques IRBBs a permis d’identifier 6 races réparties dans 3 sites différents dont 2 races déjà décrites au Mali (A 3) et au Burkina Faso (A1). Parmi les 13 gènes de résistance testés, seuls 2 sont à mesure de contrôler les 6 races de Xoo dont un dominant (Xa1) et un récessif (xa5). Par contre le criblage de 22 variétés de riz cultivées au Sénégal ont permis de trouver 4 variétés résistance à toutes races identifiées. Le phénotypage de Kitaake RXo1, de Carolina Gold, et d’IRBB1 a permis d’identifier Xo1 et Xa1 comme gènes efficaces pour lutter contre Xoc. En revanche RXo1 est contourné par la majorité des Xoc testés avec 81,32% des Xoc ne possédant pas AvRXo1. L’analyse MLVA a montré qu’il existe une importante diversité d’haplotypes au Sénégal et la présence d’un haplotype commun dans à 3 régions pourrait témoigner d’échange de matériel infecté entre régions éloignées. L’évaluation de perte de rendement de 3 variétés cultivées au Sénégal a montré que les pertes de rendement imputables à Xoo peuvent variées entre 5% et 55% en fonction de la variété cultivée et la race en présence.

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Page publiée le 10 novembre 2022