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Université de Montpellier (2021)

Épidémiologie des maladies majeures et structuration des microbiomes racinaires : étude comparative entre rizicultures irriguée et de bas fond au Burkina Faso

Barro, Mariam

Titre : Épidémiologie des maladies majeures et structuration des microbiomes racinaires : étude comparative entre rizicultures irriguée et de bas fond au Burkina Faso

Epidemiology of major diseases and structuration of root microbiomes : a comparative study between irrigated and lowland rice cultivation in Burkina Faso

Auteur : Barro, Mariam

Etablissement de soutenance : Université de Montpellier co tutelle Université Nazi Boni (Bobo-Dioulasso )

Grade : Doctorat : Evolution des systèmes infectieux 2021

Résumé partiel
Le riz constitue l’aliment de base de plus de la moitié de la population mondiale et sa consommation est en forte augmentation en Afrique de l’Ouest. De multiples contraintes affectent sa production, limitant ainsi les rendements rizicoles mondiaux, particulièrement au Burkina Faso où la production rizicole couvre à peine 47% des besoins des populations. Cela s’explique en partie par les dégâts causés par les agents pathogènes viraux, bactériens et fongiques. La compréhension de la dynamique spatiotemporelle des maladies et l’identification des facteurs de risque sont d’une importance capitale pour guider le déploiement de moyens de lutte efficaces car l’infection d’un hôte dépend de l’agent pathogène considéré mais aussi de la plante (génotype) et de l’environnement biotique et abiotique de la plante. Cet environnement biotique comprend les micro-organismes associés aux racines qui peuvent maintenant être appréhendés grâce aux techniques récentes de séquençage haut débit.Nous avons mené la présente étude entre 2016 et 2019 à l’ouest du Burkina Faso dans trois zones géographiques, comprenant chacune un périmètre irrigué, et un bas-fonds situé à proximité, donc un total de six sites. Tout d’abord, des entretiens ont été réalisé avec les agriculteurs pour mieux caractériser les pratiques agriculturales dans chacun des sites. Ils confirment que les deux systèmes de riziculture diffèrent en termes de pratiques culturales, avec notamment le repiquage, les deux saisons de riz, et une plus forte fertilisation minérale en riziculture irriguée.En outre, nous avons génotypé 77 échantillons de riz du Burkina Faso sur des milliers de SNP et analysé les données obtenues dans le cadre de la diversité génétique mondiale d’Oryza sativa.

Présentation (SUDOC)

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Page publiée le 14 novembre 2022