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Titre : Pantoea spp : une nouvelle menace bactérienne pour la production rizicole en Afrique subsaharienne

Pantoea spp : a new bacterial threat to rice production in sub-Saharan Africa 2018

Auteur : Kini, Kossi

Université de soutenance : Université de Montpellier

Grade : Doctorat : Evolution des systèmes infectieux : Montpellier : 2018

Résumé
Parmi les 24 espèces de Pantoea décrites à nos jours, cinq ont été signalées jusqu’à 46 fois dans 21 pays comme phytopathogènes d’au moins 31 cultures. En effet, P. ananatis et P. agglomerans ont été signalés comme bactéries phytopathogènes pour au moins dix cultures économiquement importantes, y compris le riz. Récemment, le Centre du riz pour l’Afrique et ses partenaires ont soupçonné la présence d’une bactérie émergente qui provoque le flétrissement bactérienne du riz dans plusieurs pays africains, et l’agent causal a été confirmé comme appartenant au genre Pantoea. Les objectifs de notre projet de thèse étaient (i) d’améliorer la collection d’isolats d’AfricaRice existante par de nouvelles collections (ii) de développer des outils de diagnostic et de caractérisations pour une analyse fine de la diversité génétique, phénotypique et des études d’épidémio-suivaillance. Nos résultats ont montré que les bactéries capables de produire des symptômes de flétrissement bactérien du riz en Afrique forment un complexe d’espèces composé principalement de P. ananatis, P. stewartii et P. agglomerans. Différents types d’outils de diagnostic et de caractérisations ont ensuite été développés et validés. Les résultats de l’utilisation de ces outils ont permis de mettre en évidence la présence de ce complexe bactérien dans plusieurs pays Africains et de fournir des détails sur sa repartition géographique. Ainsi, au total, nous avons diagnostiqué un complexe d’espèces bactériennes, phytopathogènes du riz dans 11 pays africains (Bénin, Burkina Faso, Burundi, Ghana, Côte d’Ivoire, Mali, Niger, Nigeria, Sénégal, Tanzanie, Togo). En outre, l’analyse de trois génomes de P. ananatis Africain isolé du riz, et le développement, l’évaluation et l’application d’outils d’analyse VNTR à locus multiples (MLVA) ont permis de mieux comprendre les relations phylogénétiques et phylogénomiques existant entre les souches de P. ananatis isolées du riz et des souches d’ autres sources (plantes, animaux et environnement). En effet, les résultats préliminaires ont montré que plusieurs souches de P. ananatis isolées du riz en Afrique, en Asie et en Europe étaient phylogénétiquement liées et formaient un groupe qui les différenciait de P. ananatis d’autres sources. En conclusion, les résultats de ce projet de thèse fournissent une base solide qui facilitera les futures études de Pantoea spp en Afrique.

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