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sur le développement des zones arides et semi-arides

Titre : Structure génétique des populations de Xanthomonas oryzae pv. oryzae, diversité du Talome et évaluation de la résistance de variétés élites de riz au Burkina Faso

Genetic structure of Xanthomonas oryzae pv. oryzae populations, Talome diversity and resistance assessment of elite rice varieties in Burkina Faso

Auteur : Diallo, Amadou

Université de soutenance : Université Joseph Ki-Zerbo (Ouagadougou) co tutelle Université de Montpellier

Grade : Doctorat : Mécanismes des Interactions parasitaires pathogènes et symbiotiques : Université Ouaga 1 Professeur Joseph Ki-Zerbo (Ouagadougou, Burkina Faso) : 2021

Résumé partiel
Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) est l’agent causal de la bactériose vasculaire du riz (BLB), une importante maladie du riz qui cause des pertes de rendements considérables dans de nombreuses régions rizicoles en Asie et en Afrique. La pathogénie de Xoo est fortement dépendante des effecteurs de type TAL (Transcriptional Activator-Like) qui agissent comme de véritables facteurs de transcription eucaryotes en induisant l’expression de gènes de sensibilité de l’hôte favorables à la croissance bactérienne et au développement de la maladie.La résistance variétale est considérée comme la méthode de lutte la plus efficace et la plus économique contre la bactériose vasculaire. Des travaux antérieurs ont permis de comprendre certaines caractéristiques génétiques et phénotypiques des souches de Xoo burkinabè. Ces souches sont d’un groupe génétique différent du groupe asiatique et sont notamment caractérisées par un plus petit nombre de gènes codant les effecteurs TAL. Deux races A1 et A2 de Xoo ont été caractérisées au Burkina Faso, indiquant que les gènes de résistance Xa4, xa5 et Xa7 confèrent une résistance efficace à ces deux races. De plus, des variétés élites de riz local NERICA et FKR testées en conditions d’inoculation artificielles ont été montrées comme résistantes à un large spectre de souches de Xoo africaines. Toutefois, compte tenu du degré élevé de variation génétique de l’agent pathogène, avec des pathotypes qui s’adaptent continuellement aux gènes de résistance déployés, il est nécessaire à la fois de connaitre la diversité des effecteurs en présence et d’avoir une compréhension continuelle de la structure génétique et de la dynamique évolutive des populations pathogènes afin de mieux gérer la durabilité des gènes de résistance. Ainsi, les objectifs de cette thèse ont été (i) d’analyser la structure génétique et la dynamique évolutive des populations pathogènes de Xoo collectées au Burkina Faso entre 2004 et 2018 en s’appuyant sur la diversité de marqueurs de type microsatellites, (ii) d’évaluer la diversité et évolution du TALome dans ces populations à travers de races et le contenu en effecteurs de type TAL et (iii) d’identifier des sources de résistance efficaces contre la BLB en conditions semi contrôlées et évaluer la résistance des variétés élites NERICA et FKR contre les populations de Xoo au champ.Le génotypage de la collection à l’aide d’un schéma MLVA basé sur l’étude de 14 loci microsatellites développés précédemment a permis de distinguer 22 haplotypes au Burkina Faso dont 18 pour le site de Bagré.

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