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Université Paris Sud – Paris XI (2012)

Characterization of bacterial diversity in three oligotrophic environments using high-throughput sequencing technology

An, Shu

Titre : Characterization of bacterial diversity in three oligotrophic environments using high-throughput sequencing technology

Auteur : An, Shu

Université de soutenance : Université Paris Sud – Paris XI

Grade : Doctorat en Microbiologie (PhD) 2012

Résumé
Les milieux oligotrophes sont pauvres en éléments nutritifs. En utilisant la technologie de séquençage à haut débit, on a étudié la diversité bactérienne dans trois environnements oligotrophes différents, y compris A. sâbles du désert, B. sâbles dans les tempêtes de l’Asie et C. l’eau et biofilms dans les réseaux de distribution d’eau potable.A. Le désert représente 30% de la surface de la terre. Les conditions de vie dans ces environnements sont un réel défi pour les micro-organismes à cause de nombreux facteurs limitants : peu d’eau et/ou de carbone disponible, une variation importante de température et une forte exposition aux irradiations UV. Le but de cette recherche est donc d’étudier la diversité bactérienne à la surface du sable du désert Taklemaken et du désert de Gobi en utilisant la technologie de séquençage à haut débit. Nos résultats ont révélé une grande diversité bactérienne dans le sol du désert comparable à d’autres types de sols. En outre, nous avons observé une corrélation positive entre la richesse bactérienne et le rapport C/N du sol.B. Les tempêtes de sable d’Asie se produisent presque toujours au printemps, elles sont générées dans les régions arides d’Asie telles que le désert Taklamaken et le désert de Gobi. L’arrivée des tempêtes de sable pourrait largement modifier l’environnement de l’air dans ces régions sous l’effet du vent, surtout dans les villes asiatiques qui sont le plus souvent touchées. Nos travaux visent à étudier la modification de la composition et la diversité des bactéries associées aux particules au moment de tempête de sable en Asie par la technologie de séquençage à haut débit. Nos résultats ont démontré que les compositions des bactéries associées aux particules sont modifiées pendant les tempêtes, en particulier, la proportion des Proteobacteria qui augmentent les jours de tempête. Nous avons signalé neuf genres bactériens détectés en plus pendant les jours de tempêtes, cela nécessite des études plus approfondies.C. Après avoir analysé la population bactérienne dans les tempêtes de sable, et celles des déserts, nous poursuivons notre objectif de recherche à un environnement aquatique. Nous avons suivi le flux d’eau provenant de l’usine d’Orly (DW-A) à l’entrée du réservoir (DW-B), et à la sortie du réservoir (DW-C). Nous avons constaté une forte variation de la communauté bactérienne, dans DW-A et DW-B, les bactéries prédominantes appartiennent aux populations des Betaproteobacteria, puis nous avons observé une conversion vers la population de Alphaproteobacteria dans DW-C. Le DW-C a montré une forte similitude avec un échantillon de biofilm (BF-C), ce qui suggère l’effet important du biofilm sur la modification des communautés bactériennes dans l’eau lors de la distribution.

Mots clés : Milieux oligotrophes ; La diversité bactérienne ; Déserts d’Asie ; Tempêtes de sâble ; Réseaux de ditribution d’eau potable ; Pyroséquençage ; Oligotrophic environment ; Bacterial diversity ; Asian desert ; Asian sandstorm ; Drinking water distribution system ; Pyrosequencing

Présentation (SUDOC)

Page publiée le 16 juin 2013, mise à jour le 2 février 2017