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Agence Nationale de la Recherche (France) 2012

MILDIV Génomique des populations pour l’étude de l’adaptation des populations de mil sauvage (Cenchrus americanus)

Génomique Mil

Agence Nationale de la Recherche (France)

Titre : MILDIV Génomique des populations pour l’étude de l’adaptation des populations de mil sauvage (Cenchrus americanus)

Région : Aride

Référence projet : ANR-12-PDOC-0009

Date : Début et durée novembre 2012 - 24 mois

Programme ANR : Retour Post-Doctorants (RPDOC) 2012

Contexte
Le mil, Cenchrus americanus, classé au 7eme rang mondial, joue un rôle majeur dans la sécurité alimentaire des zones aride d´Afrique. Dans un monde 2 a 4°C plus chaud, la diversité actuelle des plantes cultivée peut être ne suffira pas pour permettre une adaptation a ces nouvelles conditions. Le mil sauvage croît dans des conditions climatiques plus extrêmes que la forme cultivée étant donné qu’on le trouve à la limite avec le désert du Sahara. Par conséquent, le mil sauvage représente un réservoir d´allèles fonctionnelles qu’il sera possible d’utiliser pour l’évolution et l’adaptation aux conditions changeantes.

Descriptif
Le projet MILDIV propose d’identifier des gènes ou allèles fonctionnels qui pourraient être utilisés pour l’amélioration de la résilience et l’adaptation des plantes cultivés face aux futurs changements climatiques. Pour ce faire, le projet étudiera la diversité génétique de 48 populations de mil sauvage distribuées dans toute l’aire de répartition en Afrique de l´Ouest et le long d’un gradient climatique. Les technologies des nouvelles générations de séquençage permettront de générer des centaines de milliers de marqueurs distribués dans tout le génome afin de réaliser un dépistage du génome.
Premièrement, l’utilisation d’approches bayesiennes permettra d’estimer les paramètres démographiques passés et présents de la population et d’établir un modèle « neutre ». Puis, les méthodes basées sur les FST ainsi que les méthodes de corrélation le long de gradient climatique seront employées pour détecter des signatures de sélection. Le taux de faux positifs sera étudié en intégrant le modèle démographique « neutre » lors des tests de « sélection ». Finalement, the modèle spatiale développé sera utilisé pour identifier des marqueurs déviant du modèle.
Les résultats attendus de ce projet sont : i) une description détaillée de l´histoire évolutive du mil sauvage, ii) une visualisation de la structure génétique spatiale du mil sauvage à grande échelle, iii) l’identification de gènes ou polymorphisme d’intérêt par rapport aux conditions climatique futures, iv) un approfondissement des connaissances des processus évolutifs. Les résultats de cette étude bénéficieront directement l’agronomie en proposant des nouvelles pistes pour des potentiels gènes d´intérêt pour le développement de variétés de mil adaptées à des conditions climatiques plus arides.

Coordinateur : Cécile BERTHOULY SALAZAR (Diversité, adaptation et développement des plantes)

Partenaires  : DIADE (IRD-UMR) Diversité, adaptation et développement des plantes

Financement Aide de l’ANR : 120 126 euros

Présentation : ANR

Page publiée le 13 septembre 2015, mise à jour le 14 novembre 2017