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Université de Rouen (2015)

Etude de la diversité génétique et identification variétale chez le figuier (Ficus carica L.) : apport des marqueurs moléculaires et de la protéomique

Ben Abdelkrim, Ahmed

Titre : Etude de la diversité génétique et identification variétale chez le figuier (Ficus carica L.) : apport des marqueurs moléculaires et de la protéomique

Auteur : Ben Abdelkrim, Ahmed

Université de soutenance : Université de Rouen

Grade : Doctorat : Chimie : Rouen : 2015

Résumé
La Tunisie possède un patrimoine riche et diversifié de variétés de figuier constituées d’individus parfaitement adaptés aux conditions éco-géographiques du pays. L’étude de la diversité génétique et du polymorphisme moléculaire du figuier sauvage et cultivé Tunisien a été entreprise moyennant 8 marqueurs morphologiques et 17 marqueurs microsatellites. Les résultats obtenus dévoilent l’efficacité des deux techniques pour la caractérisation du gérmoplasme local. En effet, une différence morphologique importante a été révélée par les paramètres : longueur du pétiole, rapport longueur/largeur des feuilles et profondeur du sinus basal. Cette analyse a montré la présence de deux groupes majoritaires qui indiquent la présence d’une base morphologique commune. Une forte corrélation entre 7 variables climatiques et la densité morphologique a permis de regrouper les figuiers selon leur origine géographique. Concernant l’analyse moléculaire, un total de 78 allèles SSR a été révélé définissant 82 génotypes multilocus uniques. Ceci indique une diversité génétique importante dans le matériel génétique tunisien. Les marqueurs microsatellites ont, non seulement permis de mieux apprécier la diversité génétique de cette espèce, mais aussi de comprendre comment les processus de sélection et de diversification variétale se déroulent dans une échelle géographique limitée. Ces variétés montrent une alliance génétique et géographique similaire à celle notée chez le figuier sauvage, ce qui réfute l’hypothèse d’une colonisation récente. Par la suite, nous avons proposé 4 locus SSR comme un outil suffisant pour caractériser le gérmoplasme du figuier en Tunisie. En se basant sur ces locus, une clé d’identification végétale discriminant la majorité des génotypes présents dans cette étude a été réalisée. Nos résultats suggèrent que les caractéristiques morphologiques et les marqueurs SSR sont bien adaptés à la caractérisation du figuier sauvage et cultivé et devraient être recommandés dans la stratégie de gestion de la conservation du ficus carica L. Par la suite, nous avons essayé d’étudier l’expression protéomique chez cette espèce dans les différents agro-écosystèmes tunisiens. Pour réaliser cette étude, les protéines foliaires ont été analysées par électrophorèse bidimensionnelle (2DE). Cette analyse a révélé la présence de 24 spots qui ont été exprimés différentiellement chez les individus provenant du nord, du centre et du sud su pays. En outre, l’analyse par spectrométrie de masse et l’identification de novo ont montré que la majorité des protéines présentent des homologies avec des protéines impliquées dans l’organisation de la structure cellulaire , la photosynthèse et dans plusieurs réactions de stress. De fortes corrélations ont été obtenues entre l’environnement et les données protéomiques qui peuvent s’expliquer par la capacité d’adaptation des arbres aux conditions environnementales et climatiques en Tunisie et dans la région méditerranéenne.

Mots clés : Figuier — Phénotype — Marqueurs génétiques — Satellites (génétique) — Protéomique végétale — Environnement — Études d’impact

Présentation : SUDOC

Page publiée le 30 septembre 2015, mise à jour le 10 mars 2017