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Université de Liège (2015)

Bilan bactériologique des mammites dans les troupeaux Zébu Azawak à la station expérimentale sahélienne de Toukounous (Niger) et épidémiologie moléculaire des Staphylococcus aureus isolés entre 2009 et 2012

Issa Ibrahim, Abdoulkarim

Titre : Bilan bactériologique des mammites dans les troupeaux Zébu Azawak à la station expérimentale sahélienne de Toukounous (Niger) et épidémiologie moléculaire des Staphylococcus aureus isolés entre 2009 et 2012

Auteur : Issa Ibrahim, Abdoulkarim

Université de soutenance : Université de Liège

Grade : Docteur en Sciences Vétérinaires 2015

Résumé
L’élevage est la seconde activité principale après l’agriculture au Niger. Cependant, ce secteur est confronté à d’énormes problèmes, notamment la faible productivité des animaux, le faible investissement, des problèmes d’alimentation et d’accès aux points d’eau, et divers problèmes sanitaires récurrents. Depuis l’indépendance du pays en 1960, plusieurs politiques ont été mises en œuvre pour améliorer la productivité des espèces et races domestiques locales. C’est ainsi que, la station expérimentale sahélienne de Toukounous a vu le jour, avec comme objectifs la sélection et la diffusion de la race Zébu Azawak auprès des producteurs ruraux. Les efforts de sélection ont abouti à l’obtention d’un animal standard bien adapté au contexte sahélien avec un niveau de production en lait acceptable. Le bétail laitier à travers le monde souffre énormément des problèmes sanitaires liés aux infections de la glande mammaire. La situation est la même à Toukounous malgré la proximité de services vétérinaires et para-vétérinaires. Cependant, au Niger de manière générale, les données sur les mammites sont rares et très peu de publications scientifiques sont disponibles. Une des possibles explications est la prévalence élevée de mammites sub-cliniques, mais faible de mammites cliniques. La présente étude est dès lors centrée sur les problèmes de mammites au sein de la station sahélienne expérimentale de Toukounous afin d’identifier : (i) les vaches souffrant de mammites cliniques et/ou subcliniques ; (ii) les principales bactéries pathogènes responsables ; et (iii) les virulotypes et profils de résistance aux antibiotiques des souches de Staphylococcus (S.) aureus isolées ; et afin de démontrer l’impact positif de l’application de mesures simples d’hygiène lors de la traite manuelle sur la prévalence de vaches avec mammite. De 2009 à 2012, l’ensemble des vaches en lactation des trois troupeaux de la station, à savoir « élites », « non-élites » et « primipares » ont été testées avec le « California Mastitis Test » (CMT). Ensuite, le lait de tous les quartiers des vaches ayant réagi positivement au test CMT a été prélevé pour réaliser des analyses bactériologiques au Niger. Les espèces bactériennes pré-identifiées au Niger ont ensuite été importées en Belgique (ULg-FMV) afin de procéder à une identification complète par des galeries API®. Les souches confirmées de S. aureus ont par la suite été étudiées pour leurs virulotypes (i) phénotypiquement pour la production de biofilm par mesure de la densité optique après croissance en milieu liquide en plaque de microtitration et pour la synthèse d’une capsule par un test ELISA ; et (ii) génétiquement par PCR ciblant des gènes codant pour différentes propriétés de virulence (adhésines, leucotoxines, entérotoxines, biofilm, et capsule) ; ainsi que pour leurs profils de résistance aux antibiotiques par le test de diffusion en gélose, ou antibiogramme. Ces mêmes souches ont été comparées par leurs empreintes génétiques après « Pulsed Field Gel Electrophoresis » (PFGE), ou pulsotypes, pour en étudier la clonalité au cours des 4 années de l’enquête et dans les 3 troupeaux. Enfin, l’impact de mesures d’hygiène (lavage et désinfection du pis, des trayons et des mains des trayeurs avant et/ou après chaque traite) a été évalué en 2011 et en 2012, en comparant la prévalence de vaches positives au test CMT et l’identité des bactéries isolées en présence ou en absence de ces mesures. Au cours de la première étude en 2009 sur la prévalence des vaches positives au test CMT et l’identité des bactéries mammopathogènes, 104 des 265 vaches (39%) testées dans l’ensemble des 3 troupeaux étaient positives au test CMT, bien qu’aucune mammite clinique n’ait été diagnostiquée. Les analyses bactériologiques ont identifié 55 souches bactériennes : la moitié (51%) appartient au genre Staphylococcus, essentiellement à l’espèce S. aureus (42%). Les autres bactéries identifiées appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae (26%) et aux genres Enterococcus (13%), Bacillus (9%) et Acinetobacter (2%). Des résultats similaires ont été obtenus en 2010, 2011 et 2012, bien que les pourcentages respectifs puissent varier selon l’année et le troupeau. Les résultats des tests phénotypiques et génétiques du virulotypage (études 1 et 3) des 122 souches de S. aureus isolées de 2009 à 2012 dans les trois troupeaux n’ont permis d’effectuer aucun regroupement. Par contre, les résultats des empreintes génétiques par PFGE sur ces mêmes souches ont montré qu’elles appartiennent à 16 pulsotypes différents, dont trois sont plus fréquents, A (33%), D (23%) et B (21%). Ces différents pulsotypes se distinguent, dans une certaine mesure, par la présence plus fréquentes des gènes icaA, spa et cap5H dans les souches des pulsotypes A et B ; des gènes cap8H, seg, sei et seb dans celles du pulsotype D ; et du gène luks-PV dans celles des pulsotypes B et D. Pour ce qui concerne les antibiogrammes des mêmes 122 souches (études 1 et 2 + résultats non publiés), des pourcentages élevés de souches résistantes de S. aureus, particulièrement aux -lactamines, ont été relevés. Ainsi, 41% des souches testées étaient résistantes à la pénicilline et 7%, à l’oxacilline. Mais, aucune souche résistante à la méticilline (SARM) ne possède le gène mecA. Les pourcentages de souches résistantes atteignaient 11% pour la tétracycline et la gentamicine, mais restaient inférieurs à 5% pour la clindamycine, l’association trimétoprime-sulfaméthoxazole et l’enrofloxacine. Pour la 4ème étude en 2011 et 2012, les mesures d’hygiène ont été appliquées pendant 6 mois : lavage du pis avant la traite, trempage des trayons avec de la chlorhexidine après la traite, et lavage et désinfection des mains des trayeurs avec une solution antiseptique à base d’hypochlorite de sodium. L’application de ces mesures a diminué de manière statistiquement significative les pourcentages de vaches positives au test CMT en comparaison avec les résultats dans les troupeaux et au cours des années sans application de ces mêmes mesures d’hygiène. En 2012, par exemple, les pourcentages de vaches positives au CMT dans les troupeaux « élite » et « non-élite » ont diminué de 65% et 62%, à 44% et 41% après trois mois d’application, puis à 20% et 24% après 6 mois d’application, respectivement. Par contre, ces mesures d’hygiène n’ont eu aucun effet statistiquement significatif sur les pourcentages relatifs des différents pathogènes identifiés. En conclusion, les mammites bovines sévissent essentiellement sous forme sub-clinique à la station sahélienne de Toukounous. Le genre Staphylococcus et l’espèce S. aureus sont les bactéries mammopathogènes les plus fréquemment identifiées. Les souches de S. aureus appartiennent à différents virulotypes et pulsotypes, bien que trois de ces derniers soient plus fréquents dans les trois troupeaux et au cours des quatre années de l’étude. Ces mêmes souches présentent différents profils de résistance aux antibiotiques, avec près de la moitié d’entre elles résistantes à des membres de la famille de -lactames. Enfin, l’application de mesures d’hygiène (lavage et désinfection du pis, des trayons et des mains des trayeurs) avant et/ou après la traite manuelle permet de réduire la prévalence des vaches positives au test CMT de manière statistiquement significative, mais n’a pas d’influence sur les fréquences relatives des bactéries pathogènes identifiées dans les laits.

Mots clés : Zébu azawak ; Staphylococcus aureus ; Toukounous ; Mammite ; Niger

Présentation (ORBI)

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Page publiée le 26 octobre 2015, mise à jour le 26 janvier 2017