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Université Paris-Saclay (2016)

Flux de gènes et évolution des ressources génétiques du mil (Pennisetum glaucum) dans le Bassin du Lac Tchad : rôle de la diversité socio-culturelle

Naino Jika, Abdel Kader

Titre : Flux de gènes et évolution des ressources génétiques du mil (Pennisetum glaucum) dans le Bassin du Lac Tchad : rôle de la diversité socio-culturelle

Gene flow and pearl millet (Pennisetum glaucum) genetic resource evolution in the Lake Chad Basin : Role of socio-cultural diversity

Auteur : Naino Jika, Abdel Kader

Université de soutenance : Université Paris-Saclay co tutelle. Université de Niamey

Grade : Doctorat Biologie 2016

Résumé
La résilience des agricultures subsahariennes face aux perturbations environnementales et socio-économiques repose en partie sur le maintien des diversités spécifique, variétale et génétique présentes au sein des agrosystèmes, mais aussi sur la préservation du droit pour les cultivateurs de reproduire et d’échanger librement les semences et les savoirs relatifs aux variétés. Pourtant, peu de données sont réellement disponibles sur la circulation effective des semences et les mécanismes modulant les flux de gènes et les introgressions génétiques entre variétés cultivées dans les agrosystèmes sahéliens. Chez le mil en particulier, il n’existe que des données très parcellaires sur les relations entre la diversité de la plante d’une part et la diversité socio-culturelle des agriculteurs d’autre part. Dans la première partie je me suis intéressé aux interactions entre l’organisation en groupes socio-culturels des agriculteurs et la structure génétique des populations de mil dans le bassin du lac Tchad. Les analyses de la diversité génétique suggèrent l’existence d’une barrière sociale à la diffusion des gènes sur l’ensemble de cette région. Néanmoins ces barrières ne sont pas suffisantes pour empêcher les introgressions génétiques entre populations cultivées par des agriculteurs appartenant à des groupes ethnolinguistiques différents. Dans le deuxième chapitre, je me suis intéressé au rôle des processus d’adaptation locale sur la circulation des gènes. Les résultats m’ont conduit à proposer l’hypothèse selon laquelle les flux de gènes entre types nommés précoces et tardifs sont plus importants dans les régions du nord où la pluviométrie est faible. Enfin dans le troisième chapitre j’ai quantifié la diversité biochimique des grains de mil de plusieurs variétés de mil, dont les usages culinaires varient selon les groupes ethnolinguistiques ou dont les qualités gustatives sont appréciées différemment. J’ai utilisé pour cela une approche combinée de protéomique et de métabolique. Parmi les 1072 spots protéiques quantifiés seulement 7 permettent de distinguer les types nommés photopériodiques des types nommés non ou peu photopériodiques. Les données de métabolomique suggèrent la présence de champignons, qui pourraient être des endophytes, dans certains des échantillons analysés.

Mots clés : Diversité biochimique du grain ; Diversité socio-culturelle ; Ressources génétiques ; Protéomique ; Marqueurs microsatellites ; Interaction génotype-environnement ; Photopériodisme

Présentation (SUDOC)

Page publiée le 4 novembre 2016, mise à jour le 3 janvier 2017