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Universität für Bodenkultur Wien (2005)

Population genetic analysis or European and African willows (Salix spp.) using nuclear microsatellite and chloroplast markers

Babiker Hamza Babiker, Nada

Titre : Population genetic analysis or European and African willows (Salix spp.) using nuclear microsatellite and chloroplast markers

Auteur : Babiker Hamza Babiker, Nada

Akad. Grad : Dr. nat. techn. Wien, Univ. für Bodenkultur, Diss., 2005

Université de soutenance : Universität für Bodenkultur Wien | Department für Angewandte Pflanzenwissenschaften und Pflanzenbiotechnologie | Zentrum für angewandte Genetik

Résumé
In Europa können acht Salix Arten miteinader hybridisieren. Diese wurden mit Chloroplastenmarker (cp) getesten, neun davon waren polymorph. Zusätzlich wurden zehn neue cp Marker entwickelt. Diese Marker wurden verwendet um die Verteilung der genetischen Diversität von 63 europäischen S. alba und S. fragilis Populationen zu untersuchen. Von S. alba wurde eine starke geografische Struktur mit drei Haplotypen gefunden (GST= 88%). Es konnte jedoch keine phylogeografische Struktur gefunden werden (NST= 89%).. Für S. fragilis konnte nur ein Haplotyp gefunden werden. Unsere Ergebnisse weisen auf eine Rückzugsgebiet in Nordeuropa während der Eiszeit mit anschliessender Rekolonialisation von S. fragilis hin. Für S. alba schlagen wir drei Rückzugsgebiete vor : 1) Iberische Halbinsel oder Italien, 2) Balkan, 3) Vogesen (eine detaillierte Analyse ist jedoch noch ausständig). Im Gegensatz zu S. murielii, eine Art die nur im Sudan vorkommt, ist S. subserrata in ganz Afrika zu finden. In der Region von Khartoum ko-existieren beide Arten enntlang des Blauen-Nils. Wir konnten zeigen, dass beide Arten diploid sind und entwickelten mehrere cp Marker. Diese zeigten, dass beide Arten getrennte Haplotypen haben und keine geografische Struktur aufweisen. Von 37 Kern-Markern zeigten neun eine mögliche Hybrid-Bildung der beiden Arten

Eight Salix species are reported to hybridize in Europe, they were screened with 23 chloroplast primer pairs, of which nine were found polymorphic. Ten chloroplast species specific markers were developed. Several chloroplast markers (two INDELs designed primers, one PCR-RFLP and two nested point mutation PCR primers as well as 6 cpDNA microsatellites) were used to study the distribution of genetic diversity in 63 natural populations of S. alba and S. fragilis in Europe. Strong geographic structure was detected for S. alba with three haplotypes (GST= 88%). However, no phylogeographic structure was observed (NST=89%). S. fragilis showed only one haplotype in all the populations investigated up to now. We propose one refugia in northern Europe for the post glacial recolonisation routes for S. fragilis. In the case of S. alba we propose three refugia in Europe 1) in the Iberian or Italian peninsula 2) ; in the Balkan. 3) In the Vosges a small refugia also exists that remained confined to this area. S. subserrata is widely distributed in Africa and S. murielii is mentioned only in Sudan. In the region of Khartoum both species co-exist along the River Nile and the Blue River. We proved that both species are diploid using Flow cytometry. Six developed and selected chloroplast DNA markers (four targeted PCR-RFLPs and two primers for INDELs) showed that both species have separate haplotypes with no geographic structure. Using nine out of 37 nSSR markers successfully cross-transferred suggest possible presence of hybrids

Mots clé : Silberweide / Hybridisierung / Bruchweide / Areal Biologie / Markierungsgen / Plastiden-DNS — Genetics / Phylogeography / Population genetics / Salix / cpDNA / molecular markers

Présentation : Österreichische Dissertationsdatenbank

Page publiée le 3 mars 2008, mise à jour le 13 mars 2019