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Université Sidi Mohamed Ben Abdellah Fès (2017)

Optimisation de la détection moléculaire par PCR des bactéries phytopathogènes : Allorhizobium vitis et Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis

BEN BRAHIM Basma

Titre : Optimisation de la détection moléculaire par PCR des bactéries phytopathogènes : Allorhizobium vitis et Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis

Auteur : BEN BRAHIM Basma

Etablissement de soutenance : Université Sidi Mohamed Ben Abdellah Fès

Grade : Master Sciences et Techniques : Biotechnologie Microbienne 2017

Résumé
Ce travail représente une étude pour l’optimisation de la détection moléculaire par PCR conventionnelle des bactéries phytopathogènes Allorhizobium vitis, agent causal de la galle du collet de la vigne, et Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), la bactérie responsable du chancre bactérien de la tomate. Deux variantes de la PCR sont réalisées pour les deux espèces : La Bio-PCR qui consiste à la détection des bactéries à partir d’une culture pure et la PCR directe qui se base sur la détection des bactéries directement d’une plante infectée sans passer par l’étape de l’isolement et de la purification sur un milieu de culture. Plusieurs protocoles d’extraction d’ADN faciles, fiables, moins coûteux et avec une sensibilité élevée sont évalués pour chaque variante. Ainsi, des amorces spécifiques pour chaque agent pathogène sont utilisées pour obtenir une détection spécifique. L’étude de la sensibilité de chaque protocole est ensuite entamée. La détection d’A.vitis est effectuée par une PCR standard en utilisant le couple d’amorce VCF3/VCR3 et une PCR multiplexe par l’application de deux couples d’amorces VCF3/VCR3 et Ab3-F3/Ab3-R4. En outre, l’investigation moléculaire de Cmm est exécutée par l’application de deux PCR standards par les amorces spécifiques CMR16-F1/CMR16-R1 et CMM5/CMM6. Les protocoles de lyse cellulaire adoptés pour la Bio-PCR sont positifs pour les deux phytobactéries, et ont montré un seuil de détection qui varie entre 106 UFC/ml et 102 UFC/ml. Par ailleurs, parmi les différents protocoles de détection moléculaire directement des plantes infectées, seuls les protocoles de lyse cellulaire par les détergents (Tween-20 et Triton X- 100) ont abouti aux résultats escomptés. Ces protocoles possèdent un seuil de détection de 103 UFC/ml pour les deux bactéries phytopathogènes.

Mots clés : Allorhizobium vitis, Chancre bactérien, Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, Détection, Galle du collet, PCR, Sensibilité, Tomate, Vigne

Présentation

Page publiée le 7 février 2018