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Université Oran 1 - Ahmed Ben Bella (Université Es-Sénia) 2014

Isolement, identification et caractérisation des Alternaria sp. responsables de la détérioration des plantes maraichères par des systèmes enzymatiques et moléculaires

Bessadat Nabahat

Titre : Isolement, identification et caractérisation des Alternaria sp. responsables de la détérioration des plantes maraichères par des systèmes enzymatiques et moléculaires

Auteur : Bessadat Nabahat

Université de soutenance : Université Oran 1 - Ahmed Ben Bella (Université Es-Sénia)

Grade : Doctorat 2014

Résumé
L’alternariose est une maladie très répandue des Solanacées cultivées au Nord-ouest Algérien. Les échantillons représentant les symptômes collectés dans 65 régions durant les saisons de 2011 à 2013 ont permis une étude épidémiologique sur la biodiversité des espèces Alternaria pathogènes basée sur la mise en culture et le diagnostic moléculaire en utilisant l’amplification par réaction de polymérisation en chaine (PCR) avec des amorces spécifiques à chaque groupe d’espèce. Un total de 224 isolats d’Alternaria a été obtenu à partir des tissus infectés. L’étude des caractères morphologiques et culturaux des isolats étaient similaires à ceux d’A. alternata, A. tenuissima, A. arborescens, A. tomatophila et A. solani. Nous avons comparé ces critères avec l’effet de plusieurs paramètres physiologiques sur la croissance mycélienne et la sporulation, de 36 isolats sélectionnés parmi les espèces à petites et grosses spores, une matrice basée sur l’analyse statistique des donnés résume la relation entre les isolats en fonction de leur distance de similarité. Le résultat de l’identification classique a été confirmé par analyse et séquençage des régions des espaceurs internes transcrits ITS1/4 de l’ADN ribosomique de souches. L’analyse phylogénique de l’ensemble des séquences a divisé les souches en deux groupes parmi lesquels le sous-groupe de la section alternata incluant les espèces à petites spores morphologiquement identifié comme A. alternata, A. tenuissima, et A. arborescens. Le deuxième sous-groupe (porri) comprend les isolats à grosses spore comme A. tomatophila et A. solani avec les isolats de la section Ulocladioides notamment A. consortialis. L’identification moléculaire des espèces étroitement liées n’ayant pas de différences dans la structure de cette région d’ADN étudié a été confirmée à l’aide d’amorces spécifiques et avec l’alignement des séquences du gène codant pour le facteur d’élongation qui permit la distinction entre les espèces A. tomatophila et A. solani et forment deux groupes indépendants avec les séquences référencées dans GenBank. Les différents tests de pathogénicité effectuée sur tomate inoculées avec les deux groupes d’espèces ont montré que les Alternaria à petites et grosses spores forment un complexe pathogène causant la brûlure foliaire et pourraient servir comme source d’inoculum pour la propagation de la maladie dans les cultures de Solanacées voisines. Cette étude représente la première comparaison morphologique et moléculaire des isolats associés à la brûlure foliaire des Solanacées en Algérie. La résistance vis-à-vis quelques matières actives a été également évaluées in vitro sur la croissance mycélienne de deux souches.

Mots clés : Epidémiologie, Alternaria alternata, teste fongicide,A. arborescens, A. tomatophila,A. solani ,caractérisation physiologique, identification moléculaire, pouvoir pathogène ,A. tenuissima

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Page publiée le 17 mai 2019