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Université Montpellier (2018)

Communautés bactériennes associées au riz au Burkina Faso : facteurs de structuration et conséquences épidémiologiques

Barro Mariam

Titre : Communautés bactériennes associées au riz au Burkina Faso : facteurs de structuration et conséquences épidémiologiques

Auteur : Barro Mariam

Université : Université Montpellier

Discipline : Evolution des systèmes infectieux

Sous la direction de : Gilles Bena et de Irénée Somda.

Résumé partiel
Description du projet Les maladies des plantes sont traditionnellement vues comme étant gouvernées par un triangle de facteurs comprenant la plante, l’agent pathogène et l’environnement. Des recherches récentes précisent que ce dernier ne comprend pas seulement la composante abiotique, mais aussi la communauté microbienne du phytobiome (i.e. l’ensemble de la communauté d’êtres vivants dans et sur la plante). Les nouvelles techniques de séquençages (NTS) permettent de révéler l’incroyable diversité de microorganismes vivant au sein des plantes et/ou dans leur environnement immédiat. Cette thèse vise à examiner l’hypothèse d’une relation entre la diversité microbienne de la plante, sa diversité génétique et le développement de maladies majeures. La thèse portera sur le riz au Burkina Faso, une culture vivrière dont les surfaces cultivées ont très fortement augmenté dans les dernières années, suite à la crise alimentaire de 2008, ce qui, associée à une intensification, rend le riz vulnérable à l’émergence de maladies nouvelles. Nous utiliserons des approches de NTS pour décrire les communautés bactériennes des racines et des feuilles de riz, en lien avec le développement de maladies majeures (pyriculariose, panachure jaune notamment), et dans des contextes de riziculture contrastés : la riziculture traditionnelle de riz africain (Oryza glaberrima) dans les bas-fonds d’immersion profonde versus la riziculture intensive de riz asiatique (Oryza sativa) dans les grands périmètres irrigués. Plus particulièrement, les hypothèses testées seront les suivantes : - Les NTS peuvent être utilisées comme outil de diagnostic en phytopathologie car les bactéries phytopathogènes susceptibles de causer des ravages en riziculture peuvent être détectées par cette approche moléculaire - Les communautés bactériennes retrouvées dans les champs attaqués par des agents pathogènes viraux ou fungiques sont différentes des champs sains, ce qui peut s’expliquer soit par un effet de la maladie sur les associations microbiennes, soit par un effet du microbiome sur le développement de la maladie - Les différents types de riziculture sont associés à des communautés bactériennes distinctes, avec une plus grande diversité microbienne dans les rizières traditionnelles que dans les rizières intensives. Pour cela, trois grands types d’activités seront menées au cours de la thèse : Activité 1 : Collectes et observations dans les rizières Dans trois zones d’études situées dans l’Ouest du Burkina Faso (Banfora, Bama et Banzon), nous comparerons des rizières traditionnelles de riz africain (Oryza glaberrima) dans les bas-fonds d’immersion profonde et dans des périmètres irrigués avec culture intensive de riz asiatique (Oryza sativa). Dans chacune de ces 3*2 sites, nous sélectionnerons aléatoirement une dizaine de parcelles, géo-référencées, dans lesquelles observations des symptômes et prélèvements des feuilles seront réalisés au même stade de développement du riz

En préparation depuis le : 01-12-2018

Source : Theses.fr

Page publiée le 25 octobre 2019