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Universidade do Porto (2014)

Multilocus Phylogenetics : Inferring the Species-Tree of the Iberian and North African Podarcis Wall Lizards

Alvarina dos Santos Couto

Titre : Multilocus Phylogenetics : Inferring the Species-Tree of the Iberian and North African Podarcis Wall Lizards

Auteur : Alvarina dos Santos Couto

Université de soutenance : Universidade do Porto

Grade : Mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução 2014

Résumé partiel
Avanços recentes no campo da filogenética permitem uma inferência abrangente dos processos evolutivos a partir de dados multilocus. Inferir relações evolutivas entre espécies, especialmente quando estas divergiram recentemente, ou muito rapidamente, oferece desafios significativos. Este é o caso das lagartixas do género Podarcis da Península Ibérica e do Norte de África, cuja taxonomia permaneceu controversa mesmo apesar dos vários estudos baseados em DNA mitocondrial (mtDNA), aloenzimas e morfologia. Neste trabalho foram usados 30 genes nucleares para 170 indivíduos representativos de todos morfotipos e linhagens de DNA mitocondrial conhecidas, a fim de avaliar os níveis de polimorfismo genético e inferir a árvore de espécies das lagartixas do género Podarcis da Península Ibérica e do Norte de África. Para isso, foi utilizada uma variedade de métodos para estimar a árvore das espécies abrangendo métodos estatísticos de distancia (NJst) e máxima pseudo-verosimilhança (MP-EST), métodos Bayesianos de supertree (Guenomu) e probabilísticos Bayesianos (*BEAST). Todos estes têm em conta a persistência de polimorfismo ancestral, processo que se pensa ser a principal causa da incongruência entre árvores de genes e árvores de espécies no caso das Podarcis. As sequências nucleares apresentam altos níveis de partilha de haplótipos em praticamente todos os genes entre as linhagens de DNA mitocondrial previamente definidas. De acordo com estes genes e uma análise de agrupamento Bayesiana que atende à maximização do equilíbrio de Hardy-Weinberg dentro de cada grupo, as 17 linhagens de DNA foram subdivididas em 24 grupos geneticamente distintos. Além disso, também foi detectado fluxo génico entre grupos através da observação de genótipos miscigenados ; alguns destes casos correspondem a exemplos previamente documentados (ex. P. bocagei/P. guadarramae lusitanica), mas outros correspondem à descrição de fluxo génico pela primeira vez (P. vaucheri “Spain”/P. carbonelli ; P. vaucheri “Spain”/P. virescens ; P. hispanica “Galera”/P. hispanica “Albacete/Murcia” e P. liolepis/P. hispanica sensu stricto/P. atrata). Algumas situações de clara discordância citonuclear foram reveladas. A fim de remover evidências claras de fluxo génico recente, indivíduos com uma proporção de menos de 95% do seu genoma atribuído a um único grupo foram excluídos para a inferência filogenética

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Page publiée le 19 juin 2020